برخی از تألیفات ایشان به تناسب موضوع تخصصی آنها (در فقه و اصول و عرفان) ابتدا به زبان عربی نوشته شده و سپس به فارسی برگردانده شده است.
امروز ١٤ خرداد، سالروز عروج ملکوتی رهبر کبیر انقلاب اسلامی فهرستی از آثار این مجتهد به نظر خوانندگان میرسد. این کتابها شامل آثاری که از حاشیهنگاریها و سخنرانیهای امام تهیه شده است نیز میشود.
١- شرح دعاى سحر
٢- التعليقه علي الفوائد الرضويه
٣-شرح حديث جنود عقل و جهل
٤- مصباح الهدايه الي الخلافه و الولايه
٥- تعليقات علي شرح فصوص الحكم و مصباح الانس
٦- شرح چهل حديث (اربعين حديث)
٧- سر الصلواه
٨- آداب نماز (آداب الصلوه)
٩-رساله لقاءالله جواد بنشفيع ملكيتبريزي
١٠- تقريرات فلسفه امام خميني قدس سره: اسفار عبدالغني اردبيلي
١١- كشف اسرار (کشفالاسرار)
١٢-انوار الهدايه في التعليقه علي الکفايه ٢ جلد
١٣-بدايع الدرر في قاعده نفي الضرر
١٤- الرسائل العشره روحالله خميني
١٥- رساله الاستصحاب محمدباقر ابطحياصفهاني
١٦- مناهج الوصول الي علم الاصول، ٢ جلدي
١٧- رساله في تعيين الفجر في الليالي المقمره روحالله خميني؛
١٨- كتاب الطهاره - ٤ جلد
١٩-المکاسب المحرمه- ٢جلد
٢٠- رساله نجاه العباد
٢١- حاشیه بر رساله ارث ملاهاشم خراساني
٢٢- ترجمه تحرير الوسيله- ٤ جلد
٢٣-حكومت اسلامي يا ولايت فقيه
٢٤- جهاد اكبر يا مبارزه با نفس
٢٥-رساله توضيح المسائل
٢٦- مناسک حج، احکام مطابق با فتاواي حضرت امام خميني(ره)
٢٧- تفسير سوره حمد
٢٨- استفتائات ٣ جلد
٢٩- ديوان شعر امام خمینی
٣٠- سبوي عشق (هشت غزل از سرودههاي حضرت امام خميني(س)
٣١- باده عشق: اشعار عارفانه حضرت امام خميني (قدس سره) و نامهاي عرفاني
٣٢- نقطه عطف: اشعار عارفانه امام خميني(ره) و نامهاي از آن حضرت به
حاج سيداحمد خميني
٣٣-محرم راز: اشعار عرفاني حضرت امام خميني(س)
٣٤- كتاب البيع
٣٥- احكام الحج من كتاب تحرير الوسيله
٣٦- اربعين حديث (شرح چهل حدیث)
٣٧- صحيفه امام «مجموعه آثار امام خميني (س)» ٢٢ جلد
٣٨- صحيفه نور
٣٩-وصيتنامه سياسي الهي
٤٠- لمحات الاصول
٤١- کوثر - ٣جلد
٤٢- منشور روحانيت: پيام تاريخي و مهم حضرت امام خميني عليالله مقامه
خطاب بر روحانيون سراسر كشور و...
٤٣- وعده ديدار
٤٤- فرياد برائت: پيام حضرت امام خميني به حجاج بيتا... الحرام
٤٥- آواي توحيد؛ نامه امام خميني (ره) به گورباچف
٤٦- شرح حديث رأس الجالوت
٤٧- حاشيه امام بر شرح حديث رأس الجالوت
٤٨- رساله في الطلب و الاراده
٤٩- رساله في التقيه
٥٠- رساله في قاعده من ملك
٥١- تعليقه علي العروه الوثقي
٥٢-تعليقه علي وسيله النجاه
٥٣- تقريرات درس اصول آيت الله العظمي بروجردي
٥٤- تحرير الوسيله ٢ جلد
٥٥- كتاب الخلل في الصلوه
٥٦- مسائل امر به معروف و نهي از منكر از تحرير الوسيله امام خميني (ره)
٥٧- مسأله قضاوت از كتاب تحرير الوسيله امام خميني (ره)
٥٨- ره عشق
٥٩- مقام رهبري در فقه اسلامي با استفاده از كتاب البيع امام خميني (ره)
٦٠- رابطه نيت و اخلاص از كتاب اربعين حديث
٦١- جهاد نفس از كتاب اربعين حديث امام خميني